CCF@U1107：CCF生物信息学专委走进华东师范大学

CCF走进高校第1107场

敬请关注

由中国计算机学会（CCF）主办，CCF生物信息学专委、华东师范大学承办的CCF走进高校活动，将于2024年6月23日在华东师范大学召开，敬请关注。

活动时间：2024年6月23日（周日）13:30-16:30

活动地点：华东师范大学文史楼202室

报告信息：

报告题目：基于长读数的二倍体从头组装算法PECAT

报告摘要：二倍体有两组相近的同源染色体，它们之间单倍型差异往往被测序错误掩盖，许多纠错和组装算法无法有效地从中识别出单倍型信息。读数纠错时，单倍型差异会当成测序错误被移除或者不同的单倍型信息混在同一条读数中。组装时则会将不同单倍型读数拼接在一起，生成单倍型混合的组装结果，从而丢失了很大一部分遗传信息。针对这些问题，提出了一种能有效识别长读数单倍型差异的二倍体纠错和组装工具——PECAT。首先纠错时PECAT识别了测序错误和单倍型差异在纠错图上的统计区别，选择单倍型信息更加一致的读数参与纠错，排除了不同单倍型读数的干扰。在组装时识别出的读数携带的单倍型信息，并根据这些信息对读数进行局部聚类，避免不同单倍型读数组装在一起。此外PECAT采用延迟计算策略优化组装流程，提升组装效率。在真实二倍体数据上的实验表明，PECAT能够有效地保证纠错读数单倍型信息的完整性和一致性，组装出更连续的单倍型切换错误更少的组装结果。

嘉宾简介：

王建新，中南大学计算机学院二级教授、博士生导师，医疗大数据应用技术国家工程实验室副主任，国务院政府特殊津贴获得者、ACM Sigbio China主席。主要从事生物信息学、计算机优化算法、网络优化理论等相关的研究工作。主持国家重点研发项目、国家自然科学基金原创项目、国家自然科学基金重点项目、国家973等科研课题30余项，获授权发明专利60项，在Nature、Nature Communication、Bioinformatics、TON、TCOM、TCBB、JCSS、Algorithmica、ISMB、NISP、SODA等刊物和国际会议上发表论文200多篇，出版专著3部，获得省部级科技奖励5项。担任TCBB、JCST等7个国际期刊的编委和BIBM、ISBRA、TAMC等12个国际会议大会主席。

报告题目：Computational Problems in Single-Cell Omics Data Analysis

报告摘要：The rapid development of single-cell multi-omics sequencing technology has made it possible to explore cells in multiple dimensions (genomics, transcriptomics, epigenomics, and spatial transcriptomics), which has posed new challenges to bioinformatics research. How to deeply understand the cellular function described by single-cell data is a challenging problem. In this talk, I will discuss the related computational problem including the multi-omics data integration, cell type and cell-cell communication. Then I introduce our recent work in integration of multiple batches, cell type decomposition, and the discovery of tissue cellular neighborhoods.

嘉宾简介：

高琳，西安电子科技大学计算机科学与技术学院二级教授。计算机学会理事，计算机学会“生物信息专委员会”主任，人工智能学会理事，人工智能学会“生物信息学与人工生命专业委员会”副主任，运筹学会“计算生物信息学分会”副理事长。在计算生物信息学、数据挖掘与机器学习、图论与组合优化算法方面进行了长期研究，承担国家自然科学基金原创探索、重点、重大研究计划等项目，参与科技部精准医疗重点专项等。研究成果获陕西省自然科学技术一等奖，电子学会自然科学技术二等奖，单细胞环状伪轨迹推断算法入选 “2019年中国生物信息学十大算法与工具”，在《Nature Communications》,《Nature Methods》,《Science Advances》,《Advanced Science》, 《Nucleic Acids Research》, 《PLoS Computational Biology》,《Bioinformatics》等期刊发表论文160余篇。

报告题目：医疗场景下的大模型：通才与专才

报告摘要：随着人工智能技术的迅速发展，AI基础模型在医疗领域展现出巨大的潜力和广阔的可能性。本报告将深入探讨基础模型在医疗领域的应用，详细阐述其在医疗中的最新技术进展、独特优势及广泛应用场景。通过对通才和专才模型的对比分析，报告将全面展示基础模型在视觉、语言、多模态以及新药开发等方向的成果，揭示它们在不同医疗任务中的适用性和局限。同时，报告还将展望未来基础模型在智慧医疗领域的发展方向，为医疗机构、科研人员和技术开发者提供启示与实际指导，助力推动医疗领域的新一轮科技革新。嘉宾简介：

张少霆博士现担任商汤科技集团副总裁及研究院执行院长，智慧健康业务负责人。其本硕博分别毕业于浙江大学、上海交通大学、美国罗格斯大学，此后于美国北卡罗莱纳大学夏洛特分校计算机系担任教职至终身副教授。他的研究课题得到了包括多项NSF在内的数百万美元的资助，其论文成果多次获得领域内顶级会议的青年科学家奖和最佳论文奖、美国橡树岭大学联合会青年教授奖等。他在《柳叶刀 数字健康》、《自然 机器智能》、《自然 通讯》等顶级期刊上以第一作者或通讯作者发表文章数十篇，总引用17,000余次，H-Index 62，并入选美国斯坦福大学发布的全球前2%顶尖科学家“终身科学影响力排行榜”，将担任IPMI’25及CVPR’26程序委员会主席。

CCF微信公众号，欢迎关注